Posláním muzea je naplňování tří základních funkcí: sbírkotvorné, osvětové a vědecké. Právě soustavné vědecké bádání v regionu považujeme za stěžejní vzhledem k zachycení identity a vývoje zkoumaného území. Vědeckovýzkumná činnost je prováděna v návaznosti na odborné zaměření jednotlivých pracovníků muzea. Zastoupeny jsou následující vědní obory:
Historie
Budeč a počátky českého státu, Svatováclavská tradice.Kladno a výtvarné umění.Hornické památky na Kladensku.
Botanika
Roubalův herbář a kartotéka flóry Kladenska jako podklad historických změn květeny regionu. programový projekt DE06P04OMG006, na jehož řešení poskytloMinisterstvo kultury ČRúčelovou podporu formou dotace z výdajů na výzkum a vývoj z veřejných prostředkůDokumentace současného stavu flory a vegetace regionu s důrazem na rozšíření ohrožených druhů a invazních druhů naší květeny.Floristický kurz ČBS - V roce 2009 se muzeum stalo spolupořadatelem